Пространственная транскриптомика

Простра́нственная транскрипто́мика — это транскриптомная технология, позволяющая визуализировать данные РНК-секвенирования в пространстве.

Организм млекопитающих состоит из различных тканей, которые, в свою очередь, состоят из различных типов и субпопуляций клеток. Каждый из типов клеток обладает собственным характерным набором РНК (транскриптомом) и белков. При стандартном секвенировании тотальной мРНК в пробе исследователь получает информацию о транскриптоме всей группы клеток, поэтому молекулярные характеристики отдельных клеток теряются. Модификация такого метода — секвенирование РНК одиночных клеток (англ. Single-cell RNA-seq) — открыла возможность получать молекулярные идентификаторы отдельно взятых клеток, однако пробоподготовка неизбежно включает нарушение целостности ткани, поэтому тканевые координаты снова оказываются утрачены.

Пространственная транскриптомика позволяет визуализировать и количественно анализировать транскриптом в отдельных срезах тканей с пространственным разрешением. В узком смысле пространственной транскриптомикой называют определённый метод, основанный на праймерах с уникальными молекулярными идентификаторами, в более широком смысле — все методы, решающие подобные задачи, в том числе методы гибридизации in situ и РНК-секвенирования in situ.